Im Jahr 2002 gelang es der Erfurter Industriebahn GmbH (EIB), eine Ausschreibung der Bayerischen Eisenbahngesellschaft mbH im nördlichen Unterfranken zu gewinnen. Diese umfasste die Hauptstrecke Schweinfurt - Ebenhausen (Unterfr) - Münnerstadt - Bad Neustadt (Saale) - Mellrichstadt - Rentwertshausen - Meiningen und die Saalebahn Schweinfurt - Ebenhausen (Unterfr) - Bad Kissingen - Hammelburg - Gemünden (Main) . Zum Fahrplanwechsel am 12. Dezember 2004 nahm die EIB hier unter dem Markennamen UnterfrankenShuttle den Betrieb auf. Die zwanzig neuen Triebwagen des Typs Stadler RegioShuttle RS 1 sind speziell gekennzeichnet und lackiert, auf den Seitenwänden ist die Bezeichnung „UnterfrankenShuttle“ und der Schriftzug „Besser ankommen im Bayern-Takt“ vermerkt.

Die EIB bedient diese Strecken mit zwei Linien (EIB 4 und EIB 5): Eine startet am Schweinfurter Stadtbahnhof und gelangt über den Hauptbahnhof nach Ebenhausen, dort werden die beiden Einheiten geteilt, eine fährt weieter nach Bad Kissingen, die andere ins thüringische Meiningen. Die zweite Linie beginnt ebenfalls am Schweinfurter Stadtbahnhof, wird in Ebenhausen jedoch nicht geteilt, sondern fährt über Bad Kissingen und Hammelburg nach Gemünden , verdichtet somit den stärker nachgefragten Abschnitt Schweinfurt - Bad Kissingen.

Beide Linien verkehren im Zwei-Stunden-Rhythmus. Durch die Überlagerung zwischen Schweinfurt und Bad Kissingen ergibt sich hier ein Stundentakt , zwischen Schweinfurt und Meiningen ergibt sich durch die Überlagerung mit der Regionalexpress - Linie Würzburg - Erfurt (Mainfranken-Thüringen-Express) ebenfalls ein stündliches Angebot. Als zusätzliche Verbesserung wurden zum Fahrplanwechsel im Dezember 2005 der neue Haltepunkt Hammelburg Ost in Betrieb genommen , voraussichtlich im Sommer 2006 folgen die neuen Haltepunkte Schweinfurt Mitte und Rottershausen.

Die EIB-Linien sind in das neue RE/RB- System in Nordfranken inegriert, d.h. dass bei einer Ankunft am Schweinfurter Hauptbahnhof von Würzburg oder Bamberg generell Anschluss Richtung Thüringen besteht, entweder mit dem Mainfranken-Thüringen-Express der Deutschen Bahn AG nach Erfurt (auch diese Linie wird in Ebenhausen geteilt, ein Triebwagen fährt weiter nach Bad Kissingen) oder mit dem UnterfrankenShuttle der Erfurter Industriebahn.