Der Elsflether Weserzoll war eine Zollgebühr auf die Weser- Schifffahrt , die von 1623 bis 1820 von Oldenburg erhoben wurde.

Schon früh war die Grafschaft Oldenburg darauf bedacht, an der Unterweser eine zusätzliche Geldquelle zu schaffen. Der Graf Anton I. (* 1505 † 1573 ) versuchte es lange Zeit ohne Erfolg. Im Jahr 1623 gelang es dann seinem Enkel Graf Anton Günther durch viel Verhandlungsgeschick, von Kaiser Ferdinand II. ein Zolldiplom ausgefertigt zu bekommen. Dieses Schriftstück, das 1648 im Westfälischen Frieden noch einmal bestätigt wurde, ermächtigte die Oldenburger für alle flussauf- und flussabwärtsfahrenden Schiffe eine Gebühr zu erheben. Während der Friedensverhandlungen in Osnabrück wurden die oldenburgischen Interessen durch Mylius von Gnadenfeld , einem Gesandten des Grafen vertreten. Die Zahlungen wurden durch die erhöhten Kosten für die Sicherung des Fahrwassers und die Deichsicherheit begründet. Ungeachtet blieb, dass die eigentliche finanzielle Last von den am Deich anliegenden Bauern getragen werden musste.

Die Stadt Bremen hat sich als Leidtragende aus nachvollziehbaren Gründen lange gegen diesen Zoll gewehrt. 1637 lässt Graf Anton Günther sogar Soldaten in Elsfleth aufmarschieren, um die Zahlungen zu erzwingen. 1652 verhängt der Kaiser die Reichsacht gegen Bremen, da sich die Stadt immer noch weigert den Zoll zu zahlen. 1653 kommt es zum Regensburger Vergleich und Bremen erkennt den Weserzoll an. Bis zu seiner Abschaffung hat der Weserzoll die Beziehungen zwischen dem herrschaftlich geprägten Oldenburg und der bürgerlich und kaufmännisch ausgerichteten Hansestadt Bremen stark belastet.

Anfangs wurde die Zollstation in Brake-Harrien errichtet und ein Jahr später nach Elsfleth verlegt. Diese Zahlungen spülten beachtliche Summen in die Oldenburger "Cammerkasse" bzw. in die privaten Taschen des Grafen. Im Jahr 1801 wurden durch den Weserzoll 135000 Taler an Zolleinkünften erzielt. In Regensburg (als Sitz des Immerwährenden Reichstages) wird 1802 die Abschaffung der Weserzölle beschlossen. 1803 erhält die Grafschaft Oldenburg im Gegenzug für den Verzicht auf den Weserzoll die Ämter Wildeshausen, Vechta und Cloppenburg. Herzog Peter Friedrich Ludwig stimmte dem Tausch nur widerwillig und unter Druck zu. Die tatsächliche Aufhebung zog sich aber durch die Länge der Verhandlungen um weitere 17 Jahre bis 1820 hin.

Der Elsflether Weserzoll war nur einer von vielen Weserzöllen. Im Jahr 1800 gab es alleine zwischen Bremen und Hannoversch Münden insgesamt 24 Zollstellen. In Elsfleth stand jedoch die mündungsnahste Zollstation. Im Jahr 1856 wurden die letzten Weserzölle aufgrund des steigenden Wettbewerbsdruck, der durch die Eisenbahn entstanden ist, eingestellt.