Die Moosach ist ein (ursprünglich) knapp 50 km langer linker Nebenfluss der Isar, der zwischen Freising und Moosburg muendet. Er muss jedoch auch als rechter Nebenfluss der Amper gezählt werden, da der kurz vor der Isarmündung abspaltende Mühlbach knapp 30 Prozent des Wassers bei Moosburg in die Amper führt. Der mittlere Jahresabfluss beträgt in Freising knapp 4 m³/s.

Die ursprüngliche Quelle der Moosach befindet sich im Münchener Stadtteil Moosach und ihr alter Verlauf trägt nun den Namen 'Feldmochinger Mühlbach'. Dieser mündet heute in München- Feldmoching in den Würmkanal , der zusammen mit dem Isar- Garchinger -Kanal die Kanäle im Schlosspark Oberschleissheim mit Wasser versorgt. Hier befindet sich auch die neue Quelle der Moosach, da sie hier ausgeleitet wird.

Orte auf ihrem (ursprünglichen) Lauf sind München, Oberschleissheim , Unterschleissheim , Eching , Neufahrn , Freising und Marzling. Der Hauptarm mündet direkt bei der Isarbrücke zwischen Langenbach und Eitting, während das restliche Wasser erst in Moosburg als Mühlbach in die Amper mündet.