Die Kleine Vils entsteht bei Garnzell (12° 05’ 43’’ Ost, 48° 25’ 51’’ Nord, 468 m ü. NN), Gemeindegebiet Buch a.Erlbach im Landkreis Landshut aus mehreren kleinen Bächen (Froschbach, Hammerlbach, Höllbach) und Quellzuflüssen. Das Quellgebiet erstreckt sich über die Gemeinden Kirchberg und Hohenpolding (beide Landkreis Erding). Bei Garnzell erhält die kleine Vils ihren Namen und fließt in nördlicher Richtung bis Vilsheim. Von dort weiter Richtung Osten durch Altfraunhofen und Geisenhausen bis südlich von Gerzen, wo sie sich auf einer Höhe von 468 m bei 48° 25’ 27’’ Ost und 48° 29’ 53’’ Nord mit der Großen Vils zur Vils vereint.