Die Buchholz-Orgel in Stralsund wurde in den Jahren 1839 bis 1841 vom Berliner Orgelbauer Carl August Buchholz für die Stralsunder Nikolaikirche gebaut.

Am 14. Februar 1829 hatte Buchholz bereits eine Disposition zur Orgel eingereicht, wobei die Pläne aufgrund der als zu hoch angesehenen Kosten zurückgestellt wurden. Im Jahr 1837 aber wurde nach Mitwirkung des Orgelsachverständigen August Wilhelm Bach Dispositionsänderungen unter Vergrößerung des bisherigen Plans vorgenommen. In den Jahren 1839 bis 1841 wird die Orgel, die 55 Register erhält, gebaut. Die Register sind auf drei Manuale und Pedal verteilt.

Mit Haydns "Schöpfung" wird die Orgel am 8. August 1841 eingeweiht. In den Jahren 1879 und 1895 nimmt der Baumeister Friedrich Mehmel diverse Änderungen vor.

Im Ersten Weltkrieg müssen 1917 die großen Prospektpfeifen abgegeben werden, sie werden eingeschmolzen und zu Waffen verarbeitet. Ersetzt werden sie im Jahr 1924 durch Zinkpfeifen . Gustav Heinze elektrifiziert im Jahr 1935 die Orgel und erweitert sie auf vier Manuale. Den Zweiten Weltkrieg übersteht die Orgel nahezu unbeschädigt.

In den Jahren 1950 und 1955 wird die Orgel erneut umgebaut, die Firma Alexander Schuke aus Potsdam erweiteret die Orgel auf 79 Register. 1986 muss die Orgel wegen dringender Sanierungsbedürftigkeit stillgelegt werden. Sie wird musikalisch durch einen kleinere der Firma Schuke ersetzt, bleibt allerdings an ihrem Platz in der Nikolaikirche.

Sanierung 2003 - 2006

1998 beschließt der Gemeindekirchenrat eine Sanierung der Orgel.

Im März 2003 übernimmt die Deutsche Stiftung Denkmalschutz mit einer Million Euro den größten Teil des Finanzbedarfs zur Sanierung in Höhe von 1,6 Millionen Euro, die Firmen Wegscheider aus Dresden und Klais aus Bonn erhalten den Auftrag. Von April 2003 an wird die Orgel schrittweise saniert. Wieder angebaut wurde ein drittes 32-Fuß-Register, welches im Original erhalten war, aber lange Zeit verschwunden. Die Orgelbauer arbeiteten mit Stralsunder Pfeifen an der Buchholz-Orgel in Kronstadt , um den originalen Klang hinzubekommen. Die Tasten des neu gebauten Spieltisches aus Elfenbein stammen von einer alten englischen Orgel. 30 Prozent der alten Pfeifen wurden aufgearbeitet. Im Mai 2006 beginnt die Intonation der Orgel.

Die Fertigstellung der Sanierung ist für das Jahr 2006 vorgesehen.