Das ehemalige Franziskanerkloster in Ellingen besaß die erste Orgel des Orgelbaumeisters Anton Bayr aus München.

Diese Orgel wurde am 24. September 1745 im Franziskanerkloster in Ellingen fertiggestellt.

Das Kloster wurde im Rahmen der Säkularisation durch Feldmarschall Carl Philipp von Wrede im Jahre 1881 aufgelöst.

Heute wird das Klostergebäude als Lagerhalle von der Stadt Ellingen verwendet. Seit vielen Jahren existieren Pläne, in das Kirchengebäude ein Kulturzentrum einzubauen.