Das Benediktinerkloster St. Johann wurde in der Mitte des 12. Jahrhunderts in der Gemeinde Alt St. Johann im Kanton St. Gallen in der Schweiz gegründet. Die älteste urkundliche Erwähnung des Klosters datiert von 1152, als Papst Eugen II. St. Johann unter seinen Schutz nahm. Das Kloster besass im Toggenburg und im Rheintal Güter: St. Johann, Stein , Nesslau, Kappel, St. Peterzell und Mogelsberg, bei Feldkirch, Klaus , Götzis und Altach. Das Benediktinerkloster erlebte seine Blütezeit erst im 14. Jahrhundert. Nachdem das Kloster die Reformation überstanden hatte, verlor es im Jahre 1555 die Eigenständigkeit und wurde der Fürstabtei St. Gallen als Priorat unterstellt. Im Jahre 1626 fielen die Klostergebäude einem Grossbrand zum Opfer. Daraufhin wurde das Priorat von St. Johann nach Sidwald bei Nesslau verlegt, das seither Neu St. Johann genannt wird. Anstelle des alten Klosters entstand eine Pfarrkirche mit Pfarrhaus. Die neuen Klostergebäude in Nesslau wurden bis 1680 in prunkvollem Rokokostil errichtet. Das Kloster war im konfessionell gemischten Toggenburg ein Instrument der gegenreformatorischen Bestrebungen der Fürstäbte von St. Gallen.

1805 wurde das Kloster aufgehoben. Die ehemalige Klosterkirche wurde zur Pfarrkirche der katholischen Kirchgemeinde Neu St. Johann . In den übrigen Gebäuden ist heute ein heilpädagogisches Zentrum, das unter dem Namen Johanneum bekannt ist, untergebracht.