Maria Anna Brunner (* 15. Oktober 1655 in Glarus ; † 28. Oktober 1697 in Hermetschwil ) war eine Schweizer Benediktinerin und von 1688 bis 1697 Äbtissin des Klosters Hermetschwil.

Maria Anna Brunner wollte ihr Kloster autonom führen und legte sich deswegen immer wieder mit dem Abt von Muri an. Ihre Erfolge gaben ihr Recht: Sie verbesserte die Verwaltung der Güter des Klosters soweit, dass sie trotz der Gesamtrenovierung der Klostergebäude einen finanziellen Gewinn herauswirtschaften und das Vermögen des Klosters vergrössern konnte. Ein weiterer Verdienst von Brunner war die Reorganisation des Klosterarchivs.

Brunners Leistungen blieben in vier von ihr erstellten Büchern erhalten, in denen sie die Geschichte des Klosters und insbesondere dessen rechtliche Stellung gegenüber dem Kloster Muri beschrieb.