Johann Caspar Bauhin (* 12. März 1606 in Basel, † 14. Juli 1685 ebenda) war ein schweizerischer Arzt und Botaniker mit französischen Vorfahren. Er ist der Sohn von Caspar Bauhin und Enkel von Jean Bauhin sowie der Vater von Hieronymus Bauhin.

Ab 1622 war Bauhin Magister in Basel. Von 1624 bis 1627 studierte er Medizin in Paris, England, den Niederlanden. Ab 1629 war er in Basel Professor für Anatomie und Botanik. Ihm war es zu verdanken, dass um 1650 in Basel das Mikroskop in den Anatomieunterricht eingeführt wurde. Ab 1640 war er Leibarzt des Herzogs von Württemberg und ab 1648 des Marktgrafen von Baden. Im Jahre 1659 ernannte ihn König Ludwig XIV. zum Medicus ordinarius regis.