Bei der Niederösterreichischen Hauptstadtfrage handelte es sich um die Frage, ob das österreichische Bundesland Niederösterreich weiterhin ohne eigener Hauptstadt bleiben soll und Wien Sitz der Niederösterreichischen Landesregierung oder ob eine andere Stadt zur Hauptstadt ernannt werden soll. Die Frage wurde mit der Begründung gestellt, dass Wien als Bundeshauptstadt und als eigenes Bundesland keinen Anspruch habe, Hauptstadt eines anderen Bundeslandes zu sein. Außerdem legte der niederösterreichische Landtag verschiedene Berechnungen vor, die Verluste für das Landesbudget von bis zu 50% bescheinigten. Mitgespielt haben aber auch die Konkurrenzsituationen einerseits zwischen der Großstadt Wien und den Städten im Land Niederösterreich sowie zwischen Wien und den umliegenden Wohngemeinden, die sich bereits auf niederösterreichischem Boden befinden. Aber auch die politische Situation spielte eine Rolle, da Niederösterreich seit 1945 ein von der ÖVP dominiertes Bundesland war, während Wien seit jeher von der SPÖ dominiert wurde.

Nach dem Zerfall der Österreichisch-Ungarischen Monarchie waren zunächst Wien und Niederösterreich ein gemeinsames österreichisches Bundesland. Doch schon damals entstanden erste Ideen zur Trennung in zwei Länder, wobei die damals niederösterreichische Gemeinde Floridsdorf (heute ein Wiener Stadtbezirk) als Hauptstadt von Niederösterreich vorgeschlagen wurde. Als die Trennung der beiden Bundesländer im Jahr 1922 realisiert wurde, dachte zunächst aufgrund der schlechten wirtschaftlichen Situation niemand daran, am Sitz der niederösterreichischen Landesregierung und -verwaltung in Wien zu rütteln.

Wieder aufgetaucht ist die Hauptstadtfrage zunächst im Jahr 1928 ; später wurde auch in der Zeit des Nationalsozialismus der (gescheiterte) Versuch unternommen, Krems zur Gauhauptstadt zu deklarieren. Ab den 1950er Jahren kamen immer wieder unterschiedliche Städte als mögliche Landeshauptstadt in die Diskussion: Korneuburg, Klosterneuburg, Mödling, Sankt Pölten.

1984 wurde vom damaligen Landeshauptmann Siegfried Ludwig eine Volksbefragung initiiert, welche die endgültige Lösung der Frage bringen sollte. Bei dieser Befragung am 1. und 2. März 1986 sprachen sich 56% der Teilnehmer für eine neue Landeshauptstadt aus. Die Stimmenmehrheit fiel auf Sankt Pölten, welches sich damit gegen Baden, Krems und Wiener Neustadt durchsetzte. Am 10. Juli desselben Jahres wurden die entsprechenden Beschlüsse vom Landtag gefasst und schon bald darauf begannen die Bau- und Übersiedelungsarbeiten in der neuen Hauptstadt. Aus dieser Zeit stammt das Zitat von Siegfried Ludwig, der für die Hauptstadt warb: Ein Bundesland ohne Hauptstadt ist wie ein Gulasch ohne Saft.

In Sankt Pölten wurde das Regierungsviertel auf der grünen Wiese neu aus dem Boden gestampft. Nach ungefähr zehn Jahren war die komplette Verwaltung übersiedelt. Das Landhaus in der Wiener Herrrengasse wurde daraufhin verkauft.

Aber nicht nur die Landesregierung übersiedelte nach Sankt Pölten, sondern auch die anderen Bundesdienststellen, sowie viele Landesdirektionen bauten auch in der neuen Landeshauptstadt ihre Landeszentralen auf.