Das Kloster St. Katharinen in Stralsund, kurz Katharinenkloster, wurde im 13. Jahrhundert von Mönchen des Dominikaner -Ordens gegründet. Dies geschah auf Veranlassung des Fürsten Jaromar II. . Die erste urkundliche Erwähnung des Klosters geht auf das Jahr 1251 zurück. Laut einer Urkunde vom 31. Oktober 1261 hatte Fürst Witzlaw II. den Platz dafür geschenkt .

Das Kloster zählt zu den Bauwerken der norddeutschen Backsteingotik und ist eines der ältesten Klöster im Ostseeraum. Außerdem ist es eines der wenigen Klöster im norddeutschen Raum, deren gotische Bausubstanz fast vollständig erhalten blieb.

Anfänglich bestand dieses Gebäude, dessen Fertigstellung im Jahr 1317 dokumentiert ist, aus einer etwa 70 Meter langen dreischiffigen Hallenkirche, der typischen Form von gotischen Sakralbauten Norddeutschlands zur damaligen Zeit. Hervorzuheben ist der Kapitelsaal mit Gewölbemalereien des 15. Jahrhunderts, der im Rahmen der Um- und Erweiterungsbauten des 14. und 15. Jahrhunderts entstand.

Das Katharinenkloster stand bald in hohem Ansehen, mit der Folge, dass bedeutende Ordensversammlungen der Dominikaner im 14. bis Anfang des 16. Jahrhunderts in Stralsund durchgeführt wurden.

Im Zuge der Reformation 1525 gelangte die Hansestadt Stralsund in den Besitz des Katharinenklosters und damit hörte das Kloster als solches auf zu existieren.

Nach Umbauten erfuhren die Klostergebäude weitere Nutzungen. Im Jahr 1560 bezogen Schüler und Lehrer des aus drei kirchlichen Schulen neu gegründeten Gymnasiums der Stadt den westlichen Gebäudeteil des Klosters, zudem wurde im östlichen Teil ein Waisenhaus eingerichtet. Die Klosterkirche wurde ab 1678 von den Schweden als Arsenal genutzt, auch als Zeughaus des schwedischen Generalgouvernements , später auch von den Preußen (ab 1815). 1902 wurde auch die Klosterkirche an die Stadt Stralsund verkauft.

Nachdem 1919 Jahre das Waisenhaus aus den Klosterräumen ausgezogen war, wurde das gesamte Gebäude in den Jahren 1919 bis 1924 umfassend restauriert . Danach zog hier das von Dr. Rudolf Baier geleitete Neuvorpommersche Museum einheimischer Altertümer und Kunstgegenstände hier ein, das bis dahin im Stralsunder Rathaus und in Räumen in der Badenstraße untergebracht war. Dieses städtische Museum war der Vorgänger des heutigen Kulturhistorischen Museums. Anfang der 1950er Jahre folgte das neu gegründete Natur-Museum nach. Dieses Museum erfuhr wiederum einen Ausbau als Museum für Meereskunde und Fischerei. Es ist der Vorgänger des heutigen Deutschen Meeresmuseums.

Bis 1945 wurden die Räumlichkeiten des ehemaligen Klosters weiter als Gymnasium genutzt. Schüler dieses Gymnasiums waren beispielsweise Ernst Moritz Arndt und auch der spätere Museumsdirektor Dr. Rudolf Baier.

Heute sind in den Räumlichkeiten des ehemaligen Katharinenklosters die beiden bedeutendsten Museen der Stadt Stralsund untergebracht. In den ehemaligen Klausurgebäuden des Klosters befindet sich das Kulturhistorisches Museum Stralsund. Weiterhin befindet sich in der Hallenkirche der Hauptsitz des Meeresmuseums.