Die Johanneskirche steht am Innsbrucker Innrain.

Auf Betreiben des Hofbauschreibers Josef Hyazinth Dörflinger wurde hier 1721 eine Kapelle und an ihrer Stelle im Jahre 1729 die bestehende Barockkirche erbaut, zu Ehren des hl. Johann von Nepomuk im Jahr seiner Heiligsprechung begonnen. Die Vorhalle stammt von 1750 , die Deckengemälde der Kirche von Josef Schöpf (1794).

Der hochbarocke Bau, nach italienischen Vorbildern errichtet, geht auf Georg Anton Gumpp zurück und bildete lange Zeit den westlichen Abschluss des Innrain.

Seit 1993 ist sie die Universitätskirche für Innsbruck.