Thomas Fredenhagen (* 1627 in Lübeck; † 20. April 1709 ebenda) war ein Lübecker Kaufmann, Ratsherr und Mäzen der ausgehenden Renaissance.

Er erwarb großen Reichtum als Reeder und Kaufmann im Handel mit Spanien und Portugal . 1692 wurde er Ratsherr und 1695 Kreditgeber der Stadt mit einem "Vorschuß von 100.000 Lübische Mark.

Fredenhagen stiftete 1697 den barocken Hochaltar aus Marmor für die Lübecker Marienkirche , der von Thomas Quellinus aus Antwerpen geschaffen und im 2. Weltkrieg weitgehend zerstört wurde. Es handelte sich damals um die größte Stiftung an eine Lübecker Kirche seit der Reformation ; der hierfür benötigte Marmor mußte von Fredenhagen zweimal beschafft werden, da die erste Ladung bei einem Schiffbruch unterging.

Die Saaltäfelung seines Bürgerhauses wurde 1839 als Fredenhagenzimmer in das Haus der Kaufmannschaft in der Breiten Straße 6–8 übernommen. Kassettendecke und Täfelung wurden als reich verziertes Schnitzwerk von dem Bildschnitzer Hans Dreger 1572-83 hergestellt.

Porträts von Thomas Fredenhagen und seiner Ehefrau Katharina Millies, gemalt 1675 von Godfrey Kneller befinden sich im St. Annen Museum.