Die katholische Pfarrkirche St. Johann in Burtscheid (heute Aachen-Burtscheid) war die frühere Abteikirche. Nachdem sich nach der Säkularisation der Abtei Burtscheid im September 1804 die Burtscheider Protestanten bei der französischen Regierung um die Nutzung der Abteikirche für ihre Gottesdienste bemühten, gelang es den Burtscheider Katholiken jedoch, von Napoleon , der im gleichen Jahr in Aachen weilte, die Entscheidung zu erwirken, daß die Abteikirche wieder für den katholischen Gottesdienst freigegeben wurde.

1806 wurde die frühere Abteikirche dann zur zweiten Pfarrkirche in Burtscheid erhoben und kam als 18. Succursalpfarrei zur Kantonalpfarrei St. Michael, Burtscheid. Die Pfarrkirche wurde 1881 durch den Anbau der Taufkapelle erweitert. Architekt hierfür war Hermann Joseph Hürth. In den Jahren 1888-1892 ließ Pfarrer Straub die bis dahin nur weiß getünchte Kirche durch den Maler Franz Wirth farbig ausmalen. Während bis dahin die Kirche von Kunstkennern vornehm verachtet wurde, wurde sie seit jener Ausmalung als eine Perle innerer Bauschönheit bewundert und studiert. Weiter ließ Pfarrer Straub im Jahr 1889 den Hochaltar in St. Johann, welcher bisher zwischen Chorraum und dem übrigen Kirchenraum stand (da hinter demselben zur Zeit der Abteiherrlichkeit ein Chorraum für die Stiftsdamen und deren Schöffen war) nach hinten rücken und erhielt dadurch mehr Laienraum für das Innere der Kirche.

Der Zweite Weltkrieg brachte schwere Schäden für den Kirchenbau mit sich. Bereits bei einem Bombenangriff am 5.10.1942 wurden sämtliche Fenster zerstört. Weitere Schäden entstanden bei dem schweren Luftangriff am 14.7.1943. Da hierbei u.a. auch sämtliche Fenster zerstört wurden, mußten ab November 1942 bis April 1943 wegen der einsetzenden Kälte alle Gottesdienste der Pfarre in der Burtscheider Marienkapelle abgehalten werden. Beim Bombenangriff auf Burtscheid am 11.4.1944 brannte die Kuppel aus Holz mit der Inneneinrichtung der Kirche völlig aus. Nur die Außenmauern blieben erhalten.

Nach der Beendigung des Krieges beschloß der Kirchenvorstand am 15.12.1946 den Wiederaufbau, der am 28.10.1947 begonnen mit der Neuerrichtung der Kuppel durch die Firma Reinartz & Söhne begonnen wurde. Da durch die Währungsreform am 20.6.1948 alle Geldmittel erschöpft waren, mußten die Wiederaufbauarbeiten vorerst eingestellt werden. Am 24.5.1949 konnte der Aufbau dank der Mitglieder-Spenden des neu errichteten Kirchbauvereins wieder aufgenommen werden. Am 30.9.1949 war die Kuppel fertig gestellt und am 7.10.1949 konnte das Richtfest gefeiert werden. Schließlich erstrahlte ab 30.5.1950 auf der Kuppel wieder die „Goldene Kugel“. Am 24.6.1950, dem Patronatsfest, wurde die Pfarrkirche wieder behelfsmäßig für den Gottesdienst in Benutzung genommen. Am 31.8.1951 war der Turm in seiner alten und schönen Form wiedererstanden. Nach Instandsetzung der Kriegsschäden wurde die Pfarrkirche St. Johann am 23.12.1951 wieder dem Gottesdienst übergeben. Weihbischof Dr. Friedrich Hünermann, Aachen, konsekrierte den neuen Hochaltar. Im September 1953 wurde der 790 qm große Kuppelraum mit 46000 Schieferplatten gedeckt. Kommunionbank und Kanzel wurden bei einer Restaurierung der Kirche im Jahr 1966 entfernt. Im Dezember 1968 wurden aus einem niederländischen Antiquariat erworbene Statuen in den von Couven zur Aufnahme von Figuren geplanten Nischen aufgestellt. Der Berdolet-Altar, der früher im Aachener Dom seinen Platz hatte, steht seit 1976 in dieser Kirche.