Zschernick war ein dem sächsischen Amt Annaburg und ab 1815 dem preußischen Landkreis Torgau unterstehender Walddistrikt in der Annaburger Heide , in dem sich bis in das 19. Jahrhundert eine Pechhütte und eine Mal-, Öl- und Schneidemühle (die sogenannte Heidemühle) befanden. 1827 standen hier zwei Häuser und 10 Pechknechtewohnungen, in denen 58 Einwohner lebten. Der Ort war nach Annaburg eingepfarrt und unterstand bis 1848 dem Gerichtsamt Annaburg.

Zur DDR-Zeit wurde Zschernick als Wohnkolonie genutzt, daher auch der Name Kolonie Zschernick.

Geschichtlich bedeutsam wurde der Ort am 16. September 1536, denn an diesem Tag traf sich unter einer Eiche auf dem "Zschernick" in der Lochauer Heide, unweit der späteren Zschernicker Heidemühle, Kurfürst Johann Friedrich von Sachsen mit Kurfürst Hermann V. von Köln und Kurfürst Joachim II. von Brandenburg, um beide für den Schmalkaldischen Bund zu gewinnen. An dieses Ereignis erinnerte ein heute nicht mehr vorhandenes Denkmal bei der Mühle in Zschernick. Unter einem hölzernen Schutzdach war eine Tafel aufgestellt, auf der die Porträts der drei Kurfürsten gemalt waren. Nach einer Quelle von 1756 war das Denkmal zur Erinnerung an einen an dieser Stelle im Jahre 1545 erfolgten Friedensschluss errichtet worden.

Die Zschernicker Heidemühle war bis zum 19. Mai 1702 ein Kammergut, das verpachtet war. Erst an diesem Tag erfolgte in Leipzig der Erbverkauf der Heidemühle an den bisherigen Mühlenpächter Tobias Schlobach für die Summe von 450 Taler