Johann Ernst II. (* 11. September 1627 in Weimar; † 15. Mai 1683 ebd.) war Herzog von Sachsen-Weimar. Er stammte aus der ernestinischen Linie des Hauses Wettin .

Johann Ernst II. wurde als Sohn des Herzogs Wilhelm IV. und dessen Ehefrau Eleonore Dorothea, einer geborenen Prinzessin von Anhalt-Dessau, geboren. 1662 nach dem Tode seines Vaters, wurde er regierender Herzog.

1672 teilt er seinen Besitz mit seinen Brüdern. Johann Ernst II. behält Weimar, sein Bruder Johann Georg I. erhält Eisenach, sein anderer Bruder Bernhard erhält Jena. Aus der Landesteilung entstanden so neben Sachsen-Weimar die Herzogtümer Sachsen-Eisenach (bis 1741 ) und Sachsen-Jena (bis 1690 ).

Während sein Vater, Wilhelm IV., besonders auch auf kulturellem Gebiet Bedeutendes leistete (vgl. Fruchtbringende Gesellschaft ), gab sich Johann Ernst II. nur seiner Jagdleidenschaft hin und überließ auch die Regierung seines Landes zum großen Teil seinem Kanzler.

Johann Ernst II. war mit Christina Elisabeth, einer geborenen Prinzessin von Schleswig-Holstein-Sonderburg verheiratet. Mit dieser hatte er vier Kinder, darunter seine beiden Söhne Johann Ernst III. und Wilhelm Ernst, die nach seinem Tode 1683 gemeinsam die Regierung übernahmen.