Als Flensburg-Express wurden von 2002 bis 2005 die Züge des durchgehenden Regionalverkehrs zwischen Hamburg und Flensburg bezeichnet.

Die Strecke wurde jahrelang von der Deutschen Bahn AG u.a. mit Interregio - und Regionalexpress -Zügen betrieben und mit dem deutschlandweiten Wegfall der Interregio-Marke gänzlich aufgegeben. Stattdessen übernahm am 15. Dezember 2002 die FLEX AG den Betrieb, von ihr stammt auch der mit der Abkürzung "FLEX" symbolisierte Name Flensburg-Express. Der Betriebsübernahme war eine Ausschreibung der landesweiten Verkehrsservicegesellchaft ( LVS GmbH ) vorausgegangen. Trotz der Mittel aus dem Verkehrsvertrag mit der LVS meldete die Flex AG schon im August 2003 überraschend Insolvenz an. Die Nord-Ostsee-Bahn, die bereits auf anderen Strecken in Schleswig-Holstein Züge in Betrieb hatte, wurde nach einer erneuten Preisanfrage der LVS GmbH damit betraut, den Verkehr bis zu einer Neuvergabe aufrecht zu halten. Sie durfte die Markenbezeichnung FLEX jedoch nicht führen und markierte Ihre Züge lediglich mit dem Begriff "Flensburg-Express" (dieser unterliegt nicht Markenschutz).

In der folgenden Ausschreibung und Neuvergabe der Verkehrsleistung konnte sich die Nord-Ostsee-Bahn jedoch nicht erneut durchsetzen. Nach zwei Jahren musste die NOB den Betrieb zum Dezember 2005 an die Deutsche Bahn AG abgeben. Für diese Entscheidung der Landesregierung gab es von einigen Verkehrsexperten heftige Kritik, da mit der Deutschen Bahn zum einen nicht der günstigste Anbieter gewählt wurde, sondern ausgerechnet auch noch jener, der nur wenige Jahre zuvor entgegen aller politischen Bestrebungen die Strecke fallengelassen hatte. Es wird vermutet, dass die Vergabe in Zusammenhang steht mit der noch ausstehenden Elektrifizierung der Strecken Hamburg - Lübeck und Itzehoe - Westerland, für die die Deutsche Bahn als Eigentümerin verantwortlich ist. Als weitere „Verhandlungsmasse“, auch in anderen Fällen, wird immer wieder der IC- und insbesondere der ICE-Verkehr nach Westerland und Kiel genannt sowie Arbeitsplatzgarantien im Bahn-Ausbesserungswerk Neumünster.

Die seit Dezember 2005 zwischen Hamburg und Flensburg und weiter nach Pattburg / Padborg ( Dänemark ) verkehrenden Regionalzüge der Deutschen Bahn AG tragen die Bezeichnung Schleswig-Holstein-Express. Damit gehört die Bezeichnung Flensburg-Express eigentlich der Geschichte an, wird sich jedoch im Volksmund noch weiter halten.