Das St. Johanniskloster in Lübeck wurde bereits zur Zeit Heinrichs des Löwen durch Bischof Heinrich I. von Brüssel als Benediktiner - Kloster gegründet und wurde 1177 dem Evangelisten Johannes geweiht. Erster Abt wurde der später auch als Chronist bekannt gewordene Arnold von Lübeck.

Die Benediktinermönche des Johannisklosters hatten jedoch Schwierigkeiten, ein den Ordensregeln entsprechendes Leben zu führen, zumal auch einige Nonnen im Kloster waren. Nach mehreren Reformversuchen wurden die Mönche daher im 2. Viertel des 13. Jahrhunderts nach Wagrien versetzt, wo sie in der damaligen Einöde Ostholsteins das Kloster Cismar begründeten.

Das Johanniskloster wurde als Nonnenkloster der Zisterzienser fortgeführt. Nach Durchführung der Reformation blieb das Kloster als Stift für ledige Frauen bestehen. Es wurde weiterhin von einer Äbtissin geleitet und beanspruchte gegenüber dem Rat der Stadt die Reichsunmittelbarkeit , die es bis zum Reichsdeputationshauptschluss 1803 auch faktisch besaß. Danch wurde das Kloster als eine städtische Einrichtung geführt. Die meisten der reichhaltigen Besitzungen im Umland wie die heutigen Lübecker Ortsteile Beidendorf, Blankensee und Kücknitz sowie die Dörfer Utecht und Schattin am Ostufer des Ratzeburger Sees gingen in städtischen Besitz über. Die meisten Klostergebäude mitsamt der Klosterkirche wurden 1805/1806 abgerissen. Während fast die gesamte Ausstattung dabei verlorenging, wurde die Orgel in der Kirche von Groß Grönau wieder aufgebaut.

Um 1900 wurde das große Klostergrundstück geteilt. Auf einem Teil wurde das Gymnasium Johanneum zu Lübeck errichtet, das das verbliebene mittelalterliche Refektorium des ehemaligen Klosters heute für die Musikerziehung nutzt.

Gegenüber dem Johanneum, auf der anderen Straßenseite der damals durch das Klostergelände weitergeführten Johannisstraße (heute Dr.-Julius-Leber-Straße) wurde 1903/1904 ein Neubau mit 43 Altenwohnungen errichtet unter dem Namen St.-Johannes-Jungfrauen-Stift, das die Tradition des Klosters als städtisches Altersheim fortführt.