Das Flensborghus entstand 1725 auf Initiative pietistisch orientierter Bürger als städtisches Waisenhaus in Flensburg. Das Baumaterial stammte zum großen Teil aus den Steinen der früheren Duburg. In späteren Jahren diente das Haus unter anderem als Kaserne. Heute ist das Flensborghus ein dänisches Kulturzentrum und unter anderem Sitz des Südschleswigschen Vereins. Unter dem Namen Jazz på Flensborghus finden mehrmals im Jahr Musikkonzerte statt.

Sehenswert sind die Balkeninschriften in dänischer Sprache und das Monogramm des dänischen Königs Frederik IV. Im Inneren des Flensborghus befindet sich eine Gemäldesammlung.