Der Fluss Schwarzer Schöps entspringt bei der Gemeinde Sohland östlich von Görlitz unweit der Quelle des Weißen Schöps.

Er fließt nach Norden um seinen Weg dann bis zur Spree zu nehmen. Er fließt ziemlich parallel zu Neiße und Spree. Er wird bei Quitzdorf am See im Stausee Quitzdorf angestaut. Etwas stromabwärts vereinigt er sich bei Boxberg mit dem Weißen Schöps, der aus der Gemeinde Markersdorf kommt. Der Unterlauf des Flusses gehört zum Biosphärenreservat Oberlausitzer Heide- und Teichlandschaft . Die Einmündung erfolgt beim Ortsteil Sprey, bekannt durch die Schrotholzkirche. Der Schwarze Schöps gehört zum Flusssystem der Elbe. Größere Ortschaften gibt es am Fluss nicht.