Die St.-Marien-Kirche ist die älteste der drei großen Stadtkirchen von Greifswald.

Wie eine schützende Glucke thront St. Marien über der Stadt

Das genaue Jahr des Baubeginns ist nicht feststellbar, es wird angenommen, dass nach 1260 mit der Errichtung einer Basilika begonnen wurde. 1275 wurden die Baupläne geändert und das Bauwerk als dreischiffige Hallenkirche ohne Chor weitergeführt. 1280 war der Bau im wesentlichen abgeschlossen, doch kann man vermuten, dass am Langhaus noch bis in die erste Hälfte des 14. Jahrhunderts gearbeitet wurde.

Die St.-Marien-Kirche ist ein 67 Meter langer Backsteinbau mit einem dreistöckigen Turm und wird von einem mächtigen Satteldach überdeckt. Der Ostgiebel ist als gerade Wand errichtet worden. Er besticht durch seine Schmuckelemente aus schlanken Pfeilern und Spitzbogenblenden, ein gelungenes Beispiel norddeutscher Giebelornamentik . Das Turmuntergeschoss mit seinen bis zu viereinhalb Meter starken Mauern war bereits Anfang des 14. Jahrhunderts fertig gestellt. Es ist heute durch eine Vorhalle verdeckt. Das Mittelgeschoss ist mit Spitzbogenblenden versehen, und der eingerückte Oberteil besitzt Schalllöcher. Den Abschluss bildet ein Zeltdach , das erst 1780 anstelle des vom Krieg 1678 beschädigten Spitzhelm aufgesetzt wurde. Neben der Turmvorhalle besitzt die Marienkirche nur noch die Annenkapelle als Anbau. Sie besitzt ein sechsteiliges Gewölbe mit polygonalen Rippen.

Im Innern gliedern vier Pfeilerpaare, die die flachen Kreuzrippengewölbe tragen, den 21 Meter hohen Raum. An ihnen sind die einzelnen Bauphasen von Ost nach West ablesbar. Während der französischen Besetzung verlor die Kirche den größten Teil ihrer Innenausstattung. Die mittelalterliche Bemalung wurde zwischen 1977 und 1984 wieder hergestellt. Wertvollstes Inventarstück ist die Kanzel von 1587, die von dem Rostocker Kunsttischler Mekelenborg angefertigt wurde. Sie ist reich mit hölzernen Intarsien geschmückt, die Landschaften und Personen darstellen, unter anderem eine Abbildung Luthers. Der spätgotische Schnitzaltar wurde vermutlich Anfang des 16. Jahrhunderts von einem schwäbischen Künstler hergestellt und gibt die Grablegung Christi wieder. Im Innenraum befinden sich auch zahlreiche Grabsteine, von denen der Gedenkstein des Bürgermeisters und Universitätsgründers Heinrich Rubenow von 1462. Neben seiner figürlichen Darstellung erinnert eine Inschrift an seinen gewaltsamen Tod.

Die Marienkirche muss bereits Anfang des 15. Jahrhunderts eine Orgel besessen haben. Die heutige Orgel stammt aus dem Jahr 1866 von dem Stralsunder Orgelbauer Mehmel. Sie ist das größte noch erhaltene Instrument Mehmels. Die Orgel ist genau auf den Raum abgestimmt und hat auch bei voller Kirche ihren typisch satten Raumklang.