Der Pinnower See liegt ca.10 km südöstlich von Schwerin, ca. 1 Kilometer vom Ostufer des Schweriner Sees entfernt. Die Ufer sind schwer zugänglich, da sehr steil und teils stark bewachsen. In Pinnow und Godern befinden sich Badestellen. Im See liegen zwei Inseln. Der See ist bis zu 16 Meter tief, die mittlere Tiefe liegt bei 6,7 Metern. An der Südseite liegt der gleichnamige Ort Pinnow und im Nordosten der Ort Godern. Der Pinnower See wird über den Mühlbach in die Warnow entwässert.

Der Pinnower See liegt östlich der Wasserscheide Nordsee/Ostsee. Der Wasserstand liegt ca. 9 Meter unterhalb dem des Schweriner Sees.