Der Wendsee befindet sich südwestlich des Havelknies, in welchem der märkische Hauptfluß, die Havel, aus dem Plauer See kommend, nach Nordwesten abknickt.

Er verbindet die Ortsteile der Stadt Brandenburg an der Havel: Plaue an der Havel und Kirchmöser West. Im Wendsee verläuft eine europäische Wasserstraße: der Elbe-Havel-Kanal . Leider wurde durch mißbräuchliche Nutzung seitens deutscher und sowjetischer Militärs während des 20. Jahrhunderts das Gewässer ökologisch schwer geschädigt. Auf seinem Grunde liegt noch immer eine kontaminierte und ölige Schlammschicht.

Der alte Plauer Kanal aus dem 18. Jahrhundert nimmt in seiner nordwestlichen Ecke seinen Anfang. Der neue Elbe-Havel-Kanal verlässt den See an seiner südwestlichen Ecke. Eine weitere Verbindung, "die Fahrt", verbindet den Wendsee nach Süden noch mit dem Wusterwitzer See .