Der Hauptbahnhof Passau wurde 1860 errichtet. Das ca. 130 m lange Gebäude ist im klassizistischen Stil gebaut. Er besitzt 8 Bahnsteiggleise und 3 Durchgangsgleise. Er ist heute Haltepunkt für ICE , IC / EC -Züge des Fernverkehrs, sowie des Nahverkehrs der DB AG (Richtung München/Regensburg) und der ÖBB (Richtung Wels -Linz). Da er an der Fernverkehrsmagistrale Frankfurt am Main - Nürnberg - Linz - Wien liegt, verkehrten hier immer sehr viele Fernverkehrszüge, so etwa in den 1960er Jahren der TEE Prinz Eugen Hamburg - Wien der seinen Namen später an den entsprechenden IC und danach an den ICE übergab.

Vom Hauptbahnhof der Stadt Passau führen noch 3 inzwischen stillgelegte Eisenbahnstrecken weg. Die Ilztalbahn Richtung Waldkirchen/Freyung (mit ehemaliger Abzweigung Richtung Tschechien ) und die beiden Strecken Richtung Hauzenberg und Obernzell (früher bis Wegscheid ) Diese Strecken wurden bis 2002 von den Passauer Eisenbahnfreunden mit Sonderzügen befahren.

Westlich des Hauptpersonenbahnhofes besteht auf dem Gelände des ehemaligen Rangierbahnhofes auch nach dessen teilweisem Rückbau noch ein größerer Güterbahnhof , der zur Bedienung des grenzüberschreitenden Güterverkehrs Deutschland/Österreich dient, sowie zur Verbindung mit Güterverkehr auf Schiffen, die auf der Donau fahren.

Besonderheit:

Seit 1951 wurde der Bahnhof von ÖBB und DB gemeinsam als Binnenbahnhof genutzt. Deshalb gab es zwei durch eine Mauer getrennte Passagier-Unterführungen unter den Gleisen um die Grenz- und Zollkontrollen durchführen zu können. Seit dem Beitritt Österreichs zur EU im Jahre 1995 und dem damit verbundenen Entfall der Kontrollen wurde diese Mauer bis auf einen kleinen Rest beseitigt.

Über den Gleisen steht seit 1975 das erste Brückenpostamt Deutschlands.