Kleinkötz ist ein Dorf in der Gemeinde Kötz, im Landkreis Günzburg in Schwaben, Bayern an dem Fluss Günz. Kleinkötz hat ungefähr 1000 Einwohner.

Bereits für die Bronzezeit , um 1800 v. Chr., finden sich archäologische Belege für eine Besiedlung der Kleinkötzer Flur . Die Hallstattkultur hat ebenfalls Spuren hinterlassen. Es finden sich mehrere Dutzend Grabhügel . In die La Tène-Zeit weisen weitere Siedlungsspuren und eine Viereckschanze der keltischen Vindeliker . Die Kontinuität der Besiedlung in römischer Zeit (15 v. Chr. bis ca. 480 n. Chr.) ist nicht archäologisch nachgewiesen. In der Zeit der Völkerwanderung verliert sich die Spur menschlicher Besiedlung bis auf Einzelfunde wie z.B. eine ostgotische Goldmünze. Geländegegebenheiten und alte Kataster weisen auf eine fränkische Heerstraße hin. Auch das Patrozinium der Kleinkötzer Kirche, Sankt Nikolaus (der Patron der Händler, Fuhrleute und Reisenden), weist auf diese Straße hin. Diese Straße blieb die Hauptverbindung zwischen Ulm und Augsburg, bis Kaiserin Maria Theresia im 18. Jahrhundert den Straßenverlauf nach Günzburg verlegen ließ. Das Dorf Kleinkötz ist im frühen Mittelalter aus mehreren Siedlungen zusammengewachsen. Da Kleinkötz nicht, wie das Nachbardorf Großkötz, an dem Fluss Kötz liegt, ist anzunehmen, dass der Name durch die in beiden Orten die Grundherrschaft ausübende adlige Familie "de Kezze" übertragen wurde. Der Name Kötz leitet sich aus einer indogermanischen Wurzel mit der Bedeutung "Wildkatzengewässer" ab.

Die erste urkundliche Erwähnung fällt in das 12. Jahrhundert. Kleinkötz teilte das Schicksal vieler Dörfer im Mittelalter . Oftmals wechselten die Besitzer, mehrmals war der Ort unter verschiedenen Lehnsherrn aufgeteilt, die Zeiten waren unruhig. Im Städtekrieg wurde das Dorf von bayerischen Truppen niedergebrannt. Im Bauernkrieg wurde das Schloss von marodierenden Bauern zerstört, über 100 Bauern aus Klein- und Grosskötz beteiligten sich an dem Aufstand. Der Dreißigjährige Krieg brachte dem Ort schwere Verluste. Starben in normalen Jahren bis zu 3 Personen, fielen dem Krieg im Jahr 1633 28 Personen und im Jahr 1634 59 Personen zum Opfer. 1635 brannte der Ort vollständig nieder. 1638 gelangte der größte Teil des Ortes in den Lehensbesitz der Augsburger Adelsfamilie Holzapfel. Bei der Ankunft des Dr. Johann Jacob Holzapfel in Kleinkötz schrieb er: "In Kleinkötz angekommen und den Ort fast verödet gefunden; als einzige Bewohnerin beherbergte die Burg nur noch eine alte Frau namens Barbara Stählin". Unter der Herrschaft der Holzapfel begann der Wiederaufbau. 1692 - 1711 wurde die Kirche neu errichtet. Im Spanischen Erbfolgekrieg stoppte der Bau, der Bauherr wurde als Geisel der Bayern in München festgehalten. 1711 erfolgte der Umbau der mittelalterlichen Wasserburg zu einem barocken Schloss . 1803 kam Kleinkötz in Zuge des Reichsdeputationshauptschlusses an Bayern.

Um 1470 wurde in Kleinkötz der reformatorische Prediger und Autor Johann Eberlin von Günzburg geboren.

Sehenswürdig sind die 1692 - 1711 erbaute römisch-katholische Kirche "Sankt Nikolaus" mit ihrer originalen Barockausstattung von Valerian Brenner und das 1711 erbaute Wasserschloss.