Die Ramsauer Ache beginnt flußabwärts des Hintersees in Ramsau bei Berchtesgaden mit der Vereinigung des Seeüberlaufs und des Klausbachs. Sie fließt durch das Ramsauer Tal.

Im Bereich der Marxenbrücke, am Eingang des Zauberwaldes, strömt sie durch die Marxenklamm. Bei der Lattenbrücke fließt linker Hand der Lattenbach zu. Im Ortszentrum von Ramsau stellt der Schwarzeckerbach den linken Zufluß dar, der rechts zufließende Öfenbach führt nur nach anhaltenden Regen Wasser. Im Ortsteil Wimbachbrücke fließt von rechts der Wimbach ein. Am Ausgang des Ramsauer Tales zwängt sich die Ramsauer Ache durch die Preisenklamm und verläßt wenig später das Gemeindegebiet von Ramsau. Auf den nächsten Kilometern stellt sie die Gemeindegrenze zwischen Bischofswiesen und Schönau am Königssee dar.

Später bildet sie die Gemeindegrenze zwischen Berchtesgaden und Schönau a. K.. An der Gmundbrücke mündet links die Bischofswieser Ache in sie. Kurz darauf vereinigt sie sich beim Bahnhof Berchtesgaden mit der Königsseer Ache zur Berchtesgadener Ache.

Die beiden Wasserkraftwerke Gummerer und Dieterich nutzen die Engergie der Ramsauer Ache, ein weiteres Wasserkraftwerk ist in der Engedey in Bau.