Herzog Johann II. von Bayern (* 1341 ; † 1397 ) war seit 1375 Herzog von Bayern . Er war ein Sohn von Stephan II. und Elisabeth von Sizilien .

Von 1375 bis 1392 regierte er mit seinen beiden Brüdern Stephan III. und Friedrich. Nach Streitigkeiten zwischen den Brüdern wurde das Herzogtum 1392 dreigeteilt: Johann erhielt Bayern-München, Friedrich Bayern-Landshut und Stephan III. Bayern-Ingolstadt.

Von 1395 bis 1397 regierte Johann II. wieder mit Stephan III., erst Johanns Söhne Ernst und Wilhelm III. konnten ihre Alleinregierung in Bayern-München gegen Stephan III. durchsetzen.

1447 wurde Bayern-Ingolstadt mit Bayern-Landshut vereinigt, Bayern Landshut selbst fiel 1503 an Bayern-München.