Die Müllheim-Badenweiler Eisenbahn AG firmierte anfangs als Lokalbahn AG Müllheim-Badenweiler. Sie wurde 1894 unter maßgeblicher Beteiligung der Bahnbau- und Betriebsgesellschaft Vering & Waechter gegründet, die bis 1899 auch den Betrieb führte. An ihre Stelle trat die Deutsche Eisenbahn-Betriebsgesellschaft AG (DEBG). Ab 1. Januar 1913 führt die MBE den Betrieb selbst.

Am 15. Februar 1896 wurde der Betrieb auf der 7,6 km langen meterspurigen Strecke mit acht Zwischenhaltestellen eröffnet. Diese führte vom Staatsbahnhof Müllheim an der Badischen Hauptbahn Karlsruhe - Basel zunächst straßenbahnartig durch die Stadt und erreichte dann den Endbahnhof in dem bekannten Kurort Badenweiler. Die Dampfzüge wurden am 7. April 1914 durch elektrische Fahrzeuge abgelöst, die mit Gleichstrom von 1000 Volt betrieben wurden.

In den fünfziger Jahren verlor die Gesellschaft, deren Hauptaktionär die Rheinische Elektrizitäts-AG Mannheim war, das Interesse am Weiterbetrieb der Bahn. Ab 1. März 1955 wurde das Land Baden-Württemberg deren Eigentümer. Sie legte den gesamten Schienenverkehr am 22. Mai 1955 still und baute die Gleise ab. Den Personenverkehr bedient seitdem der Verkehrsbetrieb Müllheim-Badenweiler im Rahmen der Südwestdeutschen Verkehrs-AG (SWEG) mit Omnibussen.

Weitere Stationen: 1,65 Kogermühle (Ausweiche), 1,95 Müllheim Turnhalle (Hp), 2,35 Müllheim Amtsgericht (Hp), 2,75 Müllheim Stadt (Ausweiche), 4,03 Niederweiler-Warteck (Ausweiche), 4,4 Niederweiler (Hp), 5,45 Badenweiler-Oberweiler (Ausweiche), 5,8 Badenweiler-Oberweiler (Hp), 6,65 Badenweiler-Hasenburg,