Das Museum Kircherianum wurde im Jahre 1651 im Collegium Romanum in Rom eingerichtet. Es war eine typische barocke Wunderkammer und Vorläufer der späteren wissenschaftlichen Museen. Es trug den Namen des Universalgelehrten Athanasius Kircher . Dieser war nicht Stifter des Museums, sondern sein Treuhänder und Kurator. Den Grundstock des Museums bildete der Nachlass des 1650 verstorbenen römischen Senatssekretärs Alfonso Donnino, der dem Collegium eine umfangreiche Sammlung antiker Funde, Fossilien , von Kunstgegenständen und Kuriositäten vermachte. Kircher richtete das Museum in einem Seitentrakt des Collegiums ein, dessen zentrales Element die so genannte Wunderkammer war. Er vergrößerte die Sammlung kostbarer Raritäten durch Überlassungen anderer Gelehrter und seiner Jesuiten -Ordensbrüder und das Beisteuern eigener Konstruktionen und Erfindungen. Ein Besuch im "Museum Kircherianum" mit den Skeletten, Skulpturen, Gemälden und mechanischen Apparaten sowie den Führungen durch den Hausherrn waren für Intellektuelle bald unverzichtbarer Bestandteil eines Rombesuchs.

Athanasius Kircher lebte in einer Zeit der Wunder- Kunst- und Kuriositätenkammern. Sie waren unter Gelehrten wie Adligen weit verbreitet. Man wollte damit die Idee des Universums im Kleinen nachvollziehen und darin sich selbst erkennen.

Das Museum wurde nach der Annektierung des Kirchenstaates durch das Königreich Italien 1870 säkularisiert und 1915 aufgelöst. Die Bestände wurden auf verschiedene Museen Roms aufgeteilt.

2001 veranstaltete das Zentralinstitut für Archivgüter in Rom im Palazzo Venezia die Ausstellung "Il museo del mondo" (italienisch "Das Museum der Welt"). Man versuchte hierbei, einen Großteil der in aller Welt verstreuten ursprünglichen Sammlung des "Museum Kircherianum" kurzzeitig wieder gemeinsam auszustellen.